Le film raconte l'histoire de trois as de la gâchette qui durant la guerre de sécession sont à la recherche d'un chargement d'or disparu. Le premier à être présenté est Tuco Benedicto Pacifico Juan Maria Ramirez (Le truand, appelé simplement Tuco, interprété par Eli Wallach), un criminel ayant commis de nombreux délits et dont la tête est mise à prix. Tuco est de connivence avec Blondin (Le bon, interprété par Clint Eastwood) : Blondin livre Tuco aux autorités, encaisse la prime de l'arrestation et libère ensuite son complice au moment où celui-ci est pendu. Les deux se partagent ensuite le butin et refont la même opération dans les comtés voisins. Durant ce temps, un troisième personnage nommé Sentenza (La brute, interprété par Lee Van Cleef), un tueur sans pitié, apprend l'existence d'un coffre rempli de pièces d'or confédérées, caché par un soldat nommé Bill Carson. Il commence donc à chercher plus d'informations à ce sujet. Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue. Blondin décide de rompre son partenariat avec Tuco, l'abandonnant dans le désert. Tuco réussit cependant à survivre et après une traversée de 70 miles, il arrive, complètement épuisé, dans un petit village. Il décide de se venger. Il retrouve rapidement Blondin et inverse les rôles, contraignant son ex-compagnon à le suivre à pied dans le désert. À un certain point, ils rencontrent une diligence remplie de soldats confédérés, morts ou mourants. Parmi ceux-ci se trouve Bill Carson, l'homme recherché par Sentenza. Carson révèle à Tuco le nom du cimetière où est caché l'or, mais demande de l'eau en échange du nom sur la tombe. Pendant que Tuco va chercher une gourde, Carson meurt, non sans avoir donné le nom de la tombe à Blondin, qui tout à coup devient très important pour Tuco. Celui-ci devra donc le soigner afin de pouvoir connaître le nom en question. Déguisés en soldats confédérés, Tuco conduit Blondin mourant dans une mission catholique administrée par son frère, un prêtre. Pendant que Blondin se rétablit, les deux frères se disputent et chacun blâme l'autre pour les difficultés de sa propre vie. Après avoir quitté la mission, Tuco et Blondin, toujours déguisés en soldats confédérés, sont capturés par un groupe de soldats de l'Union. Ils se retrouvent dans un camp de prisonniers nordiste. Pendant ce temps, Sentenza a suivi la trace de Bill Carson jusqu'à ce camp, où il est devenu sergent gardien. Avec l'aide du caporal Wallace, il torture Tuco pour connaître le nom du cimetière. Lorsqu'il apprend que seul Blondin connaît le nom de la tombe, il change de tactique. Il propose une alliance à ce dernier. Accompagnés par cinq autres brigands, ils s'enfuient tous les deux du camp et partent à la recherche de l'or. Pendant ce temps, Tuco est conduit dans un train de prisonniers, escorté par le caporal Wallace. Il réussit à s'enfuir après avoir éliminé le caporal. Dans un village voisin, dévasté par l'artillerie des deux armées, Tuco rencontre un chasseur de primes blessé par lui au début du film et cherchant à se venger. Tuco l'abat. Blondin, qui était dans le même village, entend les coups de feu et reconnaît le son du pistolet de son « ami ». Il part à sa recherche. L'ayant retrouvé, les deux compères décident de s'associer à nouveau pour éliminer Sentenza. Ils réussissent à se débarrasser des membres de son gang, mais Sentenza s'échappe. Tuco et Blondin, lors de leur voyage vers le cimetière, sont les témoins d'une bataille entre les forces confédérées et celles de l'Union, qui se disputent le contrôle d'un pont de grande valeur stratégique. Capturés encore une fois par les forces nordistes, ils offrent de s'enrôler, après avoir parlé au capitaine de la compagnie. Ce dernier, clairement ivre, révèle aux deux hommes son rêve secret : détruire le pont, afin de faire cesser le massacre inutile entre les deux armées. Le meilleur moment serait lors de la breve trêve entre les batailles, lorsque les deux armées s'affairent à récupérer les blessés. Puisque le cimetière est de l'autre côté du pont, les deux décident de le faire exploser, afin de forcer les soldats à se retirer. Pendant qu'ils posent les explosifs, ils décident de se révéler leurs secrets. Tuco donne le nom du cimetière : Sad Hill ; Blondin donne le nom sur la tombe : Arch Stanton. Après l'explosion du pont, les deux armées se retirent comme prévu et les deux associés arrivent finalement de l'autre côté de la rivière. Pendant que Blondin s'arrête près des ruines d'une église et réconforte un mourant confédéré, Tuco en profite pour galoper jusqu'au cimetière. Une fois la tombe repérée, il commence à creuser furieusement. Avant d'avoir trouvé quoi que ce soit, il est rejoint par Blondin, armé d'un pistolet, qui lui ordonne de creuser avec une pelle. Sentenza arrive, armé lui aussi, et il ordonne à Blondin d'aider Tuco à creuser. Blondin révèle alors que l'or n'est pas enterré dans cette tombe, qui ne contient que des ossements. Blondin inscrit sur une pierre le véritable nom où est enterré l'or. Les trois se font face sur une large place au milieu du cimetière, pour un grand duel à trois. Blondin abat Sentenza alors que Tuco s'aperçoit que son pistolet est vide. Blondin avoue l'avoir déchargé la nuit précédente. Il montre aussi qu'il n'avait rien écrit sur la pierre, puisque la tombe recherchée est celle sans nom à côté de celle d'Arch Stanton. Tuco est contraint de creuser à nouveau, et dès qu'il trouve l'or, Blondin le force à se passer une corde de pendu autour du cou, debout sur le sommet de la croix d'une tombe. Blondin charge la moitié du butin sur son cheval et s'éloigne, pendant que Tuco crie à l'aide. Une fois plus loin, Blondin fait feu sur la corde et libère Tuco, comme au début du film. Blondin s'enfuit avec la moitié de l'or, laissant l'autre moitié à un Tuco fou de rage.