Égypte, 1914. Un groupe de Mondo-shawans débarque sur Terre afin de récupérer quatre pierres représentant les quatre éléments de la vie, afin de les soustraire à l'arrivée imminente de la Première Guerre mondiale. Ils promettent de les rapporter dans 300 ans, lorsque le Mal reviendra, afin d'établir une paix durable. Mais à leur retour, trois siècles plus tard, leur vaisseau est détruit et les pierres disparaissent mystérieusement. Cependant, dans les décombres se trouve une main, à partir de laquelle les scientifiques parviennent à reconstituer Leeloo (Leeloo Mina Lekatariba-Laminatcha Ekbat De Sebat) qui n'est autre que le cinquième élément, une jeune femme dotée d'étonnantes facultés. Alors qu'elle s'enfuit, elle tombe dans un taxi conduit par Korben Dallas... Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue. Leeloo réussit à convaincre Korben de la conduire chez le prêtre Cornelius. Celui-ci lui résume l'histoire des cinq éléments et de l'arrivée imminente du mal. La dépositaire des pierres des quatre éléments, la diva Plavalaguna doit donner un récital à bord du vaisseau de croisière Fhloston Paradise. Mais les agents du mal, en la personne de Jean-Baptiste Emmanuel Zorg, un fabricant d'armes corrompu, et des Mangalores, un groupe de mercenaires, se lancent à leur poursuite malgré des divisions internes entre Zorg et les Mangalores. Après diverses péripéties, Korben, Leeloo et Cornelius arrivent à bord du Fhloston Paradise, où ils sont supposés rencontrer la diva Plavalaguna. À la fin du récital de cette dernière, une bataille provoquée par les Mangalores a lieu. La diva sera tuée mais elle donnera les pierres à Korben. Après avoir réuni Leeloo, le prêtre Cornelius et Ruby Rhod, un animateur de radio qui le suit depuis son arrivée à bord du vaisseau, ils s'échappent et retournent sur Terre, en Égypte, afin d'invoquer le cinquième élément et ainsi sauver l'humanité