Chaque année les chercheurs répètent sans remords que le rat et la souris sont de bons modèles biologiques (ils sont surtout du matériel bon marché, peu bruyant et peu encombrant).

Le public considère le chien comme un animal de compagnie, qui n’a pas sa place dans un laboratoire, contrairement aux rongeurs. Les médias préfèrent donc éluder la question des chiens utilisés (des golden Retriever qui proviennent soit d’un élevage français soit de l’école vétérinaire de Nantes) Il s'agit souvent de chiots âgés de quelques jours qui sont disséqués.

L’AFM est très fière de soutenir la recherche sur les animaux, sur son propre site, on peut lire « L’AFM a largement contribué à la création et au fonctionnement du centre d’expérimentation animale de Boisbonne.

En 2008 la capacité d’hébergement était de 46 primates, 50 chiens, 10 chats, 20 marmottes, 460 rats et 650 souris. »

Rappelons que de nombreux comités scientifiques comme Pro Anima et Antidote Europe sont opposés à l'utilisation d'animaux pour la recherche médicale car les résultats ne sont pas applicables à l'homme.

Non contents de faire torturer des animaux pour ses pseudo recherches scientifiques, l’AFM a été mise à mal par un rapport de la cour des comptes : en 2000, les 5 rémunérations les plus élevées dépassaient les 8300 euros bruts mensuels ! Certains cadres sont plutôt bien traités : vaste résidence achetée pour l’ancienne directrice, notes de frais généreuses, dépenses inconsidérées, voyages non justifiés de deux dirigeants aux USA et à Bora Bora etc