L'édicule qui le protège (ill. 1), datant du XVIIe siècle, a été restauré et les vitres, installées dans les années 1950, ont été remplacées par un verre clair et blanc qui n'entraîne pas de déformation chromatique lorsque l'on regarde de l'extérieur. La plate-forme, qui entoure le puits et permet au visiteur de circuler, a été abaissée afin d'empêcher de nouvelles agressions. Surtout, le puits lui-même, qui était recouvert d'une épaisse pellicule de crasse qui nuisait à la lecture de l'œuvre et en masquait en partie les restes de polychromie, a été entièrement nettoyé de 1999 à 2003. Plusieurs techniques ont été utilisées, solvant, laser ou scalpel, en fonction de l'état de la surface et des restaurations passées.