Le colonel Saïto commande un camp japonais de prisonniers de guerre en Thaïlande lors de l'expansion de l'Empire japonais en Extrême-Orient durant la Seconde Guerre mondiale. Il reçoit dans ce camp perdu au milieu de la jungle un nouveau groupe de prisonniers britanniques, commandés par le colonel Nicholson. Il doit aussi faire construire un pont faisant partie de la voie ferrée de la mort et passant au-dessus de la rivière Kwaï, avec une échéance impérative : un train d'importance stratégique doit y passer. Le colonel Saïto décide donc de mettre à l'ouvrage ses prisonniers et exige du colonel Nicholson que même les officiers se mettent au travail. Le colonel Nicholson refuse ce dernier point, non conforme à la Convention de Genève sur les prisonniers de guerre. Saïto brime alors sévèrement Nicholson et met à l'épreuve sa résistance physique, espérant ainsi le forcer à céder. Nicholson ne cède pas, par principe. Tenant tête à ses geôliers, Nicholson inspire une grande admiration à ses hommes. Mais il voit aussi l'effet qu'ont la détention et ce travail forcé et volontairement mal fait par sabotage sur les militaires dont il est responsable. Il parvient donc à un accord avec Saïto : le pont, mal conçu, sera construit sous son commandement et suivant ses plans. Il met au travail ses officiers, et constatant que le temps manque, convainc les malades et blessés de participer, allant ainsi au-delà de la demande initiale de Saïto. L'ouvrage productif et le but commun à atteindre par les Britanniques ont un effet très positif sur le moral des troupes. Nicholson a trouvé un moyen de remettre de l'ordre chez ses subordonnés et de leur donner un sentiment positif de fierté pour le travail accompli, alors qu'ils sont vaincus et prisonniers. En parallèle, un détenu américain, le commandant Shears, est parvenu à s'enfuir et fait part aux alliés de la construction de ce pont. Cela les inquiète et on décide de renvoyer cet ancien prisonnier avec un commando pour plastiquer le pont dont il faut à tout prix empêcher la réalisation. Shears refuse de retourner dans l'enfer duquel il s'est échappé, mais il est rattrapé par son passé : il a usurpé son grade et son identité lors du naufrage de son bâtiment et il est découvert et contraint d'accepter la mission sous les ordres du major Warden. Le commando arrive sur place la nuit précédant le passage du train et met en place les explosifs sur le pont achevé la veille. Ils attendent alors l'aube, le but étant de faire sauter le train avec le pont. En attendant le passage du convoi, le colonel Nicholson aperçoit le dispositif de destruction, le niveau de la rivière ayant baissé durant la nuit. Perdant tout à fait de vue que la construction du pont sert l'ennemi dans une guerre qui dépasse les enjeux locaux, il prévient le colonel Saïto et provoque la mort du commando sauf le major Warden couvrant ses hommes. Le colonel Nicholson est mortellement blessé dans la fusillade, mais retrouve sa lucidité dans ses derniers instants, et dans son dernier souffle déclenche lui-même l'explosion en tombant sur la boîte de commande au moment où le train franchit le cours d'eau.

Le film raconte l'histoire de trois as de la gâchette qui durant la guerre de sécession sont à la recherche d'un chargement d'or disparu. Le premier à être présenté est Tuco Benedicto Pacifico Juan Maria Ramirez (Le truand, appelé simplement Tuco, interprété par Eli Wallach), un criminel ayant commis de nombreux délits et dont la tête est mise à prix. Tuco est de connivence avec Blondin (Le bon, interprété par Clint Eastwood) : Blondin livre Tuco aux autorités, encaisse la prime de l'arrestation et libère ensuite son complice au moment où celui-ci est pendu. Les deux se partagent ensuite le butin et refont la même opération dans les comtés voisins. Durant ce temps, un troisième personnage nommé Sentenza (La brute, interprété par Lee Van Cleef), un tueur sans pitié, apprend l'existence d'un coffre rempli de pièces d'or confédérées, caché par un soldat nommé Bill Carson. Il commence donc à chercher plus d'informations à ce sujet. Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue. Blondin décide de rompre son partenariat avec Tuco, l'abandonnant dans le désert. Tuco réussit cependant à survivre et après une traversée de 70 miles, il arrive, complètement épuisé, dans un petit village. Il décide de se venger. Il retrouve rapidement Blondin et inverse les rôles, contraignant son ex-compagnon à le suivre à pied dans le désert. À un certain point, ils rencontrent une diligence remplie de soldats confédérés, morts ou mourants. Parmi ceux-ci se trouve Bill Carson, l'homme recherché par Sentenza. Carson révèle à Tuco le nom du cimetière où est caché l'or, mais demande de l'eau en échange du nom sur la tombe. Pendant que Tuco va chercher une gourde, Carson meurt, non sans avoir donné le nom de la tombe à Blondin, qui tout à coup devient très important pour Tuco. Celui-ci devra donc le soigner afin de pouvoir connaître le nom en question. Déguisés en soldats confédérés, Tuco conduit Blondin mourant dans une mission catholique administrée par son frère, un prêtre. Pendant que Blondin se rétablit, les deux frères se disputent et chacun blâme l'autre pour les difficultés de sa propre vie. Après avoir quitté la mission, Tuco et Blondin, toujours déguisés en soldats confédérés, sont capturés par un groupe de soldats de l'Union. Ils se retrouvent dans un camp de prisonniers nordiste. Pendant ce temps, Sentenza a suivi la trace de Bill Carson jusqu'à ce camp, où il est devenu sergent gardien. Avec l'aide du caporal Wallace, il torture Tuco pour connaître le nom du cimetière. Lorsqu'il apprend que seul Blondin connaît le nom de la tombe, il change de tactique. Il propose une alliance à ce dernier. Accompagnés par cinq autres brigands, ils s'enfuient tous les deux du camp et partent à la recherche de l'or. Pendant ce temps, Tuco est conduit dans un train de prisonniers, escorté par le caporal Wallace. Il réussit à s'enfuir après avoir éliminé le caporal. Dans un village voisin, dévasté par l'artillerie des deux armées, Tuco rencontre un chasseur de primes blessé par lui au début du film et cherchant à se venger. Tuco l'abat. Blondin, qui était dans le même village, entend les coups de feu et reconnaît le son du pistolet de son « ami ». Il part à sa recherche. L'ayant retrouvé, les deux compères décident de s'associer à nouveau pour éliminer Sentenza. Ils réussissent à se débarrasser des membres de son gang, mais Sentenza s'échappe. Tuco et Blondin, lors de leur voyage vers le cimetière, sont les témoins d'une bataille entre les forces confédérées et celles de l'Union, qui se disputent le contrôle d'un pont de grande valeur stratégique. Capturés encore une fois par les forces nordistes, ils offrent de s'enrôler, après avoir parlé au capitaine de la compagnie. Ce dernier, clairement ivre, révèle aux deux hommes son rêve secret : détruire le pont, afin de faire cesser le massacre inutile entre les deux armées. Le meilleur moment serait lors de la breve trêve entre les batailles, lorsque les deux armées s'affairent à récupérer les blessés. Puisque le cimetière est de l'autre côté du pont, les deux décident de le faire exploser, afin de forcer les soldats à se retirer. Pendant qu'ils posent les explosifs, ils décident de se révéler leurs secrets. Tuco donne le nom du cimetière : Sad Hill ; Blondin donne le nom sur la tombe : Arch Stanton. Après l'explosion du pont, les deux armées se retirent comme prévu et les deux associés arrivent finalement de l'autre côté de la rivière. Pendant que Blondin s'arrête près des ruines d'une église et réconforte un mourant confédéré, Tuco en profite pour galoper jusqu'au cimetière. Une fois la tombe repérée, il commence à creuser furieusement. Avant d'avoir trouvé quoi que ce soit, il est rejoint par Blondin, armé d'un pistolet, qui lui ordonne de creuser avec une pelle. Sentenza arrive, armé lui aussi, et il ordonne à Blondin d'aider Tuco à creuser. Blondin révèle alors que l'or n'est pas enterré dans cette tombe, qui ne contient que des ossements. Blondin inscrit sur une pierre le véritable nom où est enterré l'or. Les trois se font face sur une large place au milieu du cimetière, pour un grand duel à trois. Blondin abat Sentenza alors que Tuco s'aperçoit que son pistolet est vide. Blondin avoue l'avoir déchargé la nuit précédente. Il montre aussi qu'il n'avait rien écrit sur la pierre, puisque la tombe recherchée est celle sans nom à côté de celle d'Arch Stanton. Tuco est contraint de creuser à nouveau, et dès qu'il trouve l'or, Blondin le force à se passer une corde de pendu autour du cou, debout sur le sommet de la croix d'une tombe. Blondin charge la moitié du butin sur son cheval et s'éloigne, pendant que Tuco crie à l'aide. Une fois plus loin, Blondin fait feu sur la corde et libère Tuco, comme au début du film. Blondin s'enfuit avec la moitié de l'or, laissant l'autre moitié à un Tuco fou de rage.

Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue. Agent des services secrets français, Josselin Beaumont est envoyé au Malagawi (petit pays d'Afrique censé synthétiser les anciennes colonies d'AOF à l'aube des années 1980 et la politique africaine de la france), pour y abattre le président Njala, dictateur local et ennemi des intérêts français. Entre temps, la situation politique ayant changé, les services secrets français n'ont plus aucune raison de faire abattre Njala et, plutôt que de simplement le rappeler, dénoncent Beaumont au président Njala. On arrête Beaumont, le drogue pour obtenir des aveux, le juge puis le condamne pour haute trahison à une longue peine de travaux forcés dans un bagne où il sera torturé. Deux ans plus tard, parvenant à s'évader, Joss rejoint Paris où il n'a plus qu'une idée en tête : se venger de ses supérieurs tout en accomplissant sa mission initiale : abattre Njala. Cette mission, Joss a l'intention de l'exécuter lors du voyage diplomatique de Njala en france. Avisée de son plan, l'ancienne hiérarchie de Josselin commence à passer des nuits blanches. Le redoutable commissaire Rosen, avec son équipe, va tout mettre en œuvre pour « stopper » Beaumont. Rosen échouera dans sa traque et sera abattu par Beaumont. Désormais, ce dernier aura le champ libre pour poursuivre jusqu'au bout sa mission. Faisant momentanément croire à sa mort, alors que c'est Rosen qui se trouve à la morgue, il prend en otage Farges, un subalterne de Rosen qui a découvert la véritable identité du mort, pour arriver jusqu'à Njala, abrité dans un château. Un tour de passe-passe : Joss donne son revolver vide à Njala et l'attire vers la fenêtre. Ce dernier ne peut s'empêcher de le pointer sur Joss. A ce moment, Farges, croyant que c'est Beaumont qui tient le revolver, abat malencontreusement le président. Alors que Beaumont s'apprête à quitter les lieux en hélicoptère, le ministre, pressé par le colonel Martin, donne finalement l'ordre de le « stopper ». Ce sera chose faite quand le colonel Martin transmet à Farges l'ordre de « stopper » Beaumont, qui sera tué d'une rafale de fusil mitrailleur.