Une partie de la commune est intégrée à une zone protégée en raison de la richesse de son écosystème (prairies hygrophiles ou méso-hyprophiles, forêts alluviales, garrigues).
Les bords de Seugne constituent un espace d'une grande richesse écologique. Multitude de ponts et passerelles enjambent la rivière au cœur de la ville historique, et une promenade (mail de Seugne) a été aménagée le long de quelques-uns de ses bras. Elle se compose d'un parcours-santé, d'un arboretum et d'une aire de loisirs pour les enfants. La haute vallée de la Seugne, formée d'une série de biefs, est un site protégé dans le cadre du réseau de protection des espaces naturels de grande valeur patrimoniale Natura 2000 (classement en « site d'importance communautaire »). Le site abrite une communauté de visons d'Europe parmi les plus importantes de la région. La faune est également représentée par la loutre, le grand rhinolophe, l'agrion de Mercure et la cistude d'Europe. La haute vallée de la Seugne est en outre intégrée à une zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique de classe II (grands espaces naturels riches) couvrant 8 % du territoire communal.
Les carrières de Bellevue constituent un autre site protégé dans le cadre du réseau Natura 2000 (classement en « site d'importance communautaire »), par ailleurs inscrit dans une zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique de classe I (petits espaces homogènes). Le site se compose de cavernes (anciennes carrières), de maquis et de garrigues. L'endroit est apprécié des rhinolophes, qui viennent y hiberner
Plusieurs sentiers de promenade ont été aménagés dans la partie sud de la ville. Au gré des bras de la Seugne, des forêts et des prairies, ils conduisent à un parc floral et à la base de loisirs d'Heurtebise.
La commune a jusqu'à présent (2011) fait l'objet de treize arrêtés de reconnaissance de catastrophe naturelle, dont quatre pour des mouvements de terrain et neuf pour des inondations. La commune abrite sept établissements (non Seveso) susceptibles de présenter des risques technologiques potentiels
En latin médiéval Jonzac est nommé Joenzacus, Joenzazinsis vicaria, Joviniacum, Junctiacum, Jonzacum, Yonsium et plus tardivement Yonssac en français et Jhonzat en saintongeais.
Ce nom dériverait d'un gentilice gallo-romain, soit Jucundus, soit Juventius, associé au suffixe gaulois -acum . Jonzac serait donc à l'origine le «domaine de Jucundus» ou le « domaine de Juventius », faisant référence à un habitant du lieu, peut-être celui de la villa gallo-romaine découverte à l'est du bourg.
L'histoire de la Charente-Maritime suggère une autre étymologie. En 285, la Saintonge est intégrée à la province de l'Aquitaine Seconde par Dioclétien, qui prend en 286 le surnom de Jovius (de Jupiter), dont l'adjectif dérivé est jovianus. Jovianicum : «domaine de Dioclétien» ou «sanctuaire de Jupiter» c'est ainsi que le site de Jonzac aurait pu être nommé en l'honneur de l'empereur romain qui venait de restructurer la Gaule