Le chanteur signe en décembre 2005 chez Warner.

En 2006, la nouvelle tournée de l'artiste « Flashback Tour » ambitionne pour la capitale, de chanter dans toutes les salles parisiennes qui ont jalonné sa carrière avec en point d'orgue, le Palais des Sports de Paris, où il ne s'est plus produit depuis vingt-quatre ans et qu'il investit du 2 juin au 4 juillet. Flashback Tour : Palais des Sports 2006 est son le premier album chez Warner.

Durant l'été, Johnny tourne dans plusieurs stades et festivals et jusqu'à la fin de l'année, il alterne les représentations à Paris et en province. Durant l'automne, il se produit dans la capitale àBercy, au Zénith de Paris, à l'Olympia et à la La Cigale. Dans cette salle, il présente un récital différent, plus « rock and roll  », alternant les reprises de standards américains. (un second live (en juin 2007) est diffusé : La Cigale : 12-17 décembre 2006). Après 111 représentations données devant un total de plus d'un million de spectateurs, Le « Flashback Tour » s'achève en mars 2007.

Le cœur d'un homme, premier album studio d'Hallyday pour Warner sort en novembre. Le disque aux sonorités country blues est réalisé par Yvan Cassar.

Johnny Hallyday invité au journal de 20 heures de TF1 le 2 décembre, annonce que sa prochaine tournée, nommée Tour 66, prévue en 2009, sera la dernière. Pour autant, il déclare ne pas vouloir renoncer à chanter, ni même à la scène, mais plus sur une longue période.

Le chanteur confirme son intérêt toujours croissant pour les duos. En 2008, il participe à : Balmoral album de LoquilloNote 44 et Peace Maker opus de Doc Gynéco ; Il chante avec Charles Aznavour, sur l'album de ce dernier Duos. En octobre sort son 46e album studio Ça ne finira jamais.

En 2009, le 7 mai, le chanteur démarre le Tour 66 au Zénith de Saint-Étienne, où il donne huit représentations servant de répétitions générales. Quelques jours plus tard, Johnny chante au Forest National de Bruxelles. Accordant un entretien à un journal télévisé, il confirme que cette tournée est bien sa dernière longue tournée, évoque ses projets de cinéma, mais aussi un probable prochain spectacle dans « deux ou trois ans ».

Le même mois, le film Vengeance du réalisateur Johnnie To est présenté en compétition officielle au Festival de Cannes.

Johnny Hallyday fait son show, chaque soir, devant 80 000 spectateurs au Stade de France les 29, 20 et 31 mai. Le chanteur entre en scène sous une pluie d'étincelles et débute avec Ma gueule, une récital de deux heures et demi qui revisite cinq décennies de chansons. Sur une seconde scène au milieu du stade, Johnny donne une séquence rock and roll en acoustique. De retour sur la scène principale, il enchaîne un long medley rhythm and blues. Ému et des sanglots dans la voix, le chanteur remercie son public avant de conclure avec le titre Ça ne finira jamais et la reprise de Et maintenant « empruntée » à Gilbert Bécaud. (Tour 66 : stade de France 2009).

Au cours des mois de juin et juillet, l'artiste se produit dans une douzaine de stades. Le 14 juillet 2009, Johnny chante devant plusieurs centaines de milliers de personnes sur le Champ de Mars aux pieds de la tour Eiffel, lors d'un concert gratuit pour le public, conformément aux vœux du Président de la République, qui depuis 2007 souhaite associer un grand concert populaire aux festivités de la fête Nationale. Il termine la première partie du Tour 66 au Sporting Salle des Étoiles de Monaco, où il donne plusieurs représentations.

Le 24 juillet, le chanteur, à la demande des assureurs du Tour 66, est hospitalisé pour une dizaine de jours, pour une série d'examens. Début août, le magazine américain New York Post révèle que Johnny Hallyday a subi une opération du colon. En septembre, dans un entretien au magazine Télé Star, le chanteur confirme l'information, révélant qu'il a été opéré d'un cancer.

En septembre, sur la scène de l'Olympia, où la chanteuse se produit pour trois représentations, Johnny chante en duo avec Sylvie Vartan, (Sylvie live). Le 25, il reprend la route avec le Tour 66, dont il achève le second acte à Orléans le 24 novembre.

Le 26, il est opéré à Paris, d'une hernie discale. Le 1er décembre, le chanteur est à Los Angeles, où il est à nouveau hospitalisé d'urgence au Cedars Sinai de Beverly Hills, le 7 décembre. Souffrant de douleurs dans le dos, il est plongé dans un coma artificiel. Le 10 décembre, il est réopéré du dos, suite à une infection postopératoire. Le 11, pour la seconde fois, il est remis en état de coma artificiel jusqu'au 14 décembre. Deux jours plus tard, le producteur Jean-Claude Camus annonce l'annulation de la troisième et dernière partie du Tour 66, (Prévue à partir du 8 janvier à Amiens, la tournée devait s'achever vingt deux représentations plus tard, par quatre concerts à Bercy en février 2010). Johnny Hallyday sort de l'hôpital le 23 décembre. Tour 66 est, avec plus d'un million de spectateurs, l'une des plus grandes tournées jamais réalisée en France.

En ce début d'année 2010, longue convalescence pour Johnny Hallyday à Los Angeles et début d'un différend avec le chirurgien Stéphane Delajoux, où patient et praticien se rejettent la responsabilité des incidents postopératoires. Des experts médicaux sont nommés. Le 23 mai, Johnny Hallyday est de retour en France, pour une série d'examens et d'entretiens avec les experts médicaux à l’hôpital du Kremlin-Bicêtre.

Le 2 septembre, Johnny Hallyday se sépare officiellement de son producteur Jean-Claude Camus : Gilbert Coullier s'occupe désormais de ses spectacles (ils ont déjà travaillé ensemble - durant les années 1980, Coullier est, avec Camus, coproducteur du chanteur). On annonce ses débuts au théâtre pour l'automne 2011 et son retour sur scène en 2012. Ce même mois, il enregistre son prochain album à Los Angeles, Matthieu Chedid est à la réalisation.

Le chanteur participe aux albums L'instinct masculin de Patrick Fiori et Rue Washington de Line Renaud.

Le 3 décembre 2010 marque le retour sur une scène de Johnny Hallyday depuis ses ennuis de santé. À l'Arèna de Montpellier, il rejoint le chanteur M sur scène pour un duo. Les deux chanteurs chantent à nouveau ensembles Tanagra - les 15, 16 et 17 décembre - au Bercy, où le fils de Louis Chédid achève sa tournée.

L'année 2011 marque le retour du chanteur sur les plateaux télésNote 45, en radio et dans les bacs des disquaires avec la sortie, le 28 mars, de son 47ème album studio Jamais seul. L'opus aux sonorités très rock, fait la part belle aux guitares, qui font « jeu égal » avec la puissance vocale d'Hallyday.

Côté live, l'artiste donne quelques « concerts » privés : Le 30 mai à RTL - le précédent remonte à 1983 - et le 3 décembre au second étage de la Tour Eiffel, où après avoir présenté à la presse sa prochaine tournée, il chante une dizaine de titres, dont l'inattendu reprise de L'idole des jeunes et l'inédit Autoportrait, offert gratuitement en téléchargement sur Internet le jour même - devant quelques trois cents invités. Mais le plus étonnant de ces « mini » récitals est celui qu'il donne, le 20 juin, à Los Angeles, à l'école française de sa fille Jade, où s'accompagnant à la guitare, il chante quelques chansons pour les enfants.

2011, est aussi pour Johnny Hallyday celle de ses débuts sur les planches, au théâtre Édouard VII, dans une pièce de Tennessee Williams Le paradis sur terre.

Figurant en 1955, dans Les Diaboliques de Henri-Georges Clouzot, on le retrouve quelques années plus tard, chanteur vedette "faisant ses classes" au cinéma dans de petits films désuets, où il interprète - à l'instar d'un Elvis aux States - une ou deux chansons. De cette période, on ne retient guère que le film de Noël Howard en 1963 D'où viens-tu Johnny ?.

C'est en Italie qu'il trouve son premier vrai rôle, en 1969, héros d'un western spaghetti, Le Spécialiste de Sergio Corbucci. L'année suivante on le remarque dans Point de chute, film policier de et avec Robert Hossein.

En 1972, Johnny Hallyday joue son propre rôle dans le film de Claude Lelouch L'aventure c'est l'aventure, (Lino Ventura, Jacques Brel, Aldo Maccione, Charles Denner en sont les principaux interprètes. Tourné au printemps 1971, Johnny campe un Hallyday qui organise son propre enlèvement à des fins publicitaires.

Présenté en mai 1972 en ouverture du festival de Cannes, Le film documentaire J'ai tout donné de François Reichenbach sort dans les salles le 24 juin. Le réalisateur suit Johnny avec sa caméra durant une année, (aux États-Unis, sur la scène du Palais des Sports de Paris, en tournée à travers la France, etc.).

La reconnaissance vient en 1985 avec Détective de Jean-Luc Godard. Présenté au festival de Cannes, l'interprétation de Johnny Hallyday est saluée par la critique. Costa-Gavras emboîte le pas de Godard, en 1986, avec Conseil de famille.

En 2000, aux côtés de Sandrine Kiberlain, Il incarne un "chanteur-loser" dans Love me de Laetitia Masson.

Johnny Hallyday obtient en 2003 le Prix Jean Gabin pour L'homme du train de Patrice Leconte.

Pour Laurent Tuel dans Jean-Philippe, en 2006, Johnny Hallyday joue le personnage de Jean-Philippe Smet qui a manqué son destin.

Le 6 septembre 2011, au théâtre Édouard VII à Paris, avec Audrey Dana et Julien Cottereau comme partenaires Johnny Hallyday fait, (à 68 ans), ses débuts au théâtre, dans une pièce de Tennessee Williams Le paradis sur terre, mis en scène par Bernard Murat. La dernière a lieu le samedi 19 novembre.

Johnny Hallyday enfant n'a pas connu son père, Léon Smet. Ce dernier d'origine belge a exercé divers métiers artistiques.

Sa mère devant reprendre une activité professionnelle, le confie à Hélène Mar, sœur du père de l'enfant, (de vingt ans son aînée, c'est déjà elle qui a élevé Léon Smet).

Le 15 juin 1961, Johnny Hallyday a 18 ans. Belge par son père et français par sa mère, il doit faire un choix et opte pour la nationalité française.

Lorsque qu'il accède au vedettariat, Johnny Hallyday est mineur, et en 1961, sa rupture avec Vogue est l'occasion d'un imbroglio de signatures. Son père - parfait inconnu pour Johnny, sans le rencontrer, sans même le consulter - confirme l'engagement avec la maison de disque ; tandis que sa mère signe avec Philips... Le principal intéressé souhaite aller chez Barclay, où il espère rejoindre l'ami Eddy... C'est finalement Philips qui l'emporte après un désaccord artistique entre le chanteur et Eddy Barclay, qui lui propose d'être accompagné par des musiciens aux cheveux multicolores

Johnny Hallyday rencontre son père pour la première fois durant son service militaire. Convoqué au poste, l'y attend un homme avec une peluche dans les bras, qui se jette sur lui, l'embrasse, l'appelle « mon fils », quand surgissent des photographes... Johnny apprendra plus tard, que son père avait été payé par les paparazzi pour qu'il joue cette comédie et qu'ils puissent la saisir.

À propos de son père, Johnny Hallyday écrira : « Il a fait de moi un déraciné. Une déchirure qui me marquera à vie. Ma seule consolation : si j'avais eu un papa comme presque tout le monde, je n'aurais jamais rencontré Lee (...) et je ne serais jamais devenu Johnny Hallyday ».

Le 12 avril 1965, Johnny Hallyday épouse la chanteuse Sylvie Vartan, à Loconville dans l'Oise. Leur fils David naît le 14 août 1966. Le 20 février 1970, le couple est victime d'un grave accident de la route. Si Johnny n'est que très légèrement touché, Sylvie est sérieusement blessée au visage. Après une vie commune mouvementée, émaillée de séparations et de réconciliations, le couple divorce le 5 novembre 1980.

Johnny épouse Élisabeth Étienne, dite Babeth, le 1er décembre 1981, à Los Angeles. Leur union est éphémère, ils se séparent officiellement le 3 février 1982.

En 1983, au cours d'une émission des Carpentier, Johnny rencontre la comédienne Nathalie Baye. Ensemble, ils jouent le sketch Adieu ma jolie écrit par Philippe Labro. Bientôt, l'actrice et le chanteur sont à la veille un couple. De leur union naît Laura Smet, le 15 novembre 1983. Ils se séparent en mars 1986.

Le 9 juillet 1990, à Ramatuelle, Johnny épouse Adeline Blondieau, fille de son ami Long Chris. Cette même année, le chanteur y entreprend la construction d'une villa, qu'il nomme Lorada, contraction des prénoms de ses enfants, Laura et David. Ils se séparent le 11 juin 1992, puis se remarient le 16 avril 1994, à Las Vegas. Leur union s'achève le 9 mai 1995.

Le 25 mars 1995, à Miami, Johnny rencontre Laeticia Baudou, une jeune mannequin de 32 ans sa cadette. Un an plu tard, ils se marient à la mairie de Neuilly-sur-Seine, dont Nicolas Sarkozy est le maire.

Laeticia et Johnny adoptent, en novembre 2004, une enfant d'origine vietnamienne, qu'ils prénomment Jade. En décembre 2008, ils adoptent à nouveau une petite vietnamienne, qu'ils prénomment Joy.

Le 10 juillet 1975, Johnny chante sous chapiteau à Thonon-les-Bains. Durant le récital, les CRS interviennent d'une façon musclée pour évacuer un groupe de jeunes installés entre les barrières de protection et la scène. Au cours de l'échange, le chauffeur d'Hallyday est blessé. Johnny interrompt son récital et déclare : « Le spectacle est terminé, (…), si vous devez vous en prendre à quelqu'un, prenez-vous en aux policiers. » et il quitte la scène. Une plainte est déposée contre Johnny Hallyday et son équipe, pour coups et blessures volontaires, incitation à la violence et voie de fait contre des policiers en exercice. Conséquence immédiate, le concert qu'il devait donner le 20 juillet, place de la Concorde à Paris, pour l'arrivée du tour de France cycliste, est annulé.

2003, le chanteur est mis en cause par une hôtesse présente avec lui sur son yacht en avril 2001 et qui l'accuse de l'avoir violée. Johnny Hallyday est entendu par la justice en tant que témoin assisté ; jamais il n'est mis en examen153 et sur l'avis du parquet qui considère que « rien n'était en état d'être prouvé dans cette affaire », elle se termine par un non-lieu cinq ans plus tard (après un jugement en première instance à Nice en janvier 2006 et une confirmation de la cour d'appel d'Aix-en-Provence en avril 2006). L'employée, poursuivie et mise en examen pour usage de faux (en liaison avec des documents médicaux antidatés) et dénonciation calomnieuse, est condamnée à six mois de prison avec sursis pour usage de faux et obtient un non-lieu pour l'accusation de dénonciation calomnieuse.

Début 2004, Johnny Hallyday dénonce son contrat avec Universal Music Group. Le 2 août, le conseil de prud'hommes donne partiellement raison au chanteur. Il valide la rupture du contrat et réclame la restitution des masters à Johnny Hallyday. Universal fait appel de la décision et, en 2005, gagne en appel contre Johnny Hallyday. Le recours en cassation de l'artiste est rejeté. Les masters restent donc la propriété de la maison de disques. (Johnny Hallyday signe chez Warner le 4 janvier 2005).

En 1975, Johnny Hallyday a des ennuis avec le fisc qui lui réclame plusieurs centaines de millions d'arriéré d'impôt. Conséquence immédiate, Johnny Hallyday fait part de son désir de tout arrêter : « Je m'arrête en septembre 1975, pour un an minimum. Je vais louer une maison à Los Angeles. Je pars avec Sylvie et David. (…) Lorsque j'ai payé mes musiciens, mes impôts, la Société des Auteurs-Compositeurs, il ne me reste rien. Pourquoi continuerais-je à travailler dans de telles conditions ? ». Si le chanteur gagne bien les États-Unis, il reprend bientôt ses activités et durant l'automne enregistre deux albums studios qui paraissent l'année suivante. Quant à la scène Johnny la reprend dès l'automne 76 sur une scène parisienne. Johnny Hallyday achève le remboursement des échéances de ces arriérés d'impôts, au cours des années 1990.

En 2005, le chanteur dépose au mois de novembre une demande pour acquérir la nationalité belge. Ce qui n'est pas sans générer diverses polémiques, d'aucuns le soupçonnant de vouloir échapper au fisc français. La réforme de la nationalité belge en cours ne lui ferait pas forcément perdre sa nationalité française. En octobre 2006, l'office des étrangers remet à la commission des naturalisations un avis négatif en raison de son manque d'attaches avec la Belgique et du fait qu'il ne peut justifier de résidence dans le pays depuis au moins trois ans.

En décembre 2006, le chanteur s'installe à Gstaad en Suisse en raison d'une fiscalité qu'il juge trop contraignante en France. Ce départ lui permet de diminuer son prélèvement fiscal de 75 % à 30 % de ses revenus et fait l'objet de nombreux commentaires et polémiques, tant dans la presse que dans les milieux politiques.

Au cours de la campagne pour l'élection présidentielle de 1988, Johnny Hallyday chante le 20 mars, à l'Hippodrome de Vincennes, en première partie d'un meeting du candidat RPR Jacques Chirac, alors Premier ministre Le chanteur déclare, au final de Quelque chose de Tennessee : « On a tous en nous quelque chose de… Jacques Chirac ». Michel Berger, auteur de la chanson, ne goûta guère à cette affirmation.

En 2005, lors de la campagne du référendum sur la Constitution européenne, à la demande du Président de la République Jacques Chirac, le chanteur prend publiquement position en faveur du « oui »

Johnny Hallyday apporte son soutien à Nicolas Sarkozy candidat à l'élection présidentielle de 2007.

1978 : Grand prix de l'Union nationale des auteurs et compositeurs pour Elle m'oublie

1979 : Le SNEPA, (Syndicat National de l'Édition Phonographique et Audiovisuelle) remet au chanteur, le 15 octobre, quatre Disque de platine pour les albums : Johnny Hallyday Story - Palais des Sports, Derrière l'amour, C'est la vie et le Pavillon de Paris : Porte de Pantin.

1995 : En janvier, Johnny Hallyday invité du midem de Cannes, se voit remettre les insignes de Chevalier des arts et des lettres par Jacques Toubon alors ministre de la culture.

1997 : Le 1er janvier, Johnny Hallyday est distingué Chevalier de la Légion d'honneur par le Président de la République Jacques Chirac.

2000 : Le 13 mars, Johnny Hallyday reçoit des mains de son ami Michel Sardou son premier disque de diamant, (à l'occasion du million de disque vendu pour son dernier album). Cette même année, il obtient le M6 award d'honneur du meilleur artiste masculin

2002 : NRJ Music Award d’honneur

2003 : Prix Jean-Gabin pour son rôle dans L'Homme du train de Patrice Leconte.