Monde : France

Sa grand-mère paternelle, Marie-Louise, est aide-ménagère chez celui qui deviendra son grand-père paternel, Auguste Leclerc, contrôleur PTT.

Son grand-père maternel, Alexandre Merlot, est un métis guadeloupéen. Dans deux documentaires diffusés sur France 3 dédiés aux chansons françaises d'inspiration extra-métropolitaine, Entre 2 rives… Sous les Tropiques en 2011 et Le tour du monde en chansons en 2016, Julien Clerc déclare être originaire de Guadeloupe et se sentir profondément antillais, que sa musique en est forcément inspirée et que son grand-père était de la même couleur de peau que Yannick Noah.

Des tensions apparaissent rapidement dans le couple aux origines sociales différentes et ce, dès le choix du prénom du nourrisson, qui hérite d’un prénom composé, son père souhaitant l’appeler Paul et sa mère Alain. Ses parents divorcent le 6 avril 1949 et, après deux ans de bataille judiciaire, Paul obtient la garde de l'enfant mais sort de la procédure éprouvé, victime d’un infarctus qui entraîne une paralysie partielle du visage. Le 6 octobre 1949, Paul Leclerc se remarie avec Ghislaine Téry (décédée le 23 décembre 2011). Le couple donne à Paul-Alain deux demi-frères, Gérard et Jean-Noël, et trois demi-sœurs : Sylvie, Christine et Marianne.

Il habite alors à Bourg-la-Reine et, grâce à des voisins, fait du scoutisme laïc chez les Éclaireurs de France dans le « groupe Montaigne ». Ghislaine, claveciniste, le met au piano classique et l'emmène régulièrement au théâtre des Champs-Élysées, écouter les Musigrains, des cycles de concerts-conférences pédagogiques fondés par Germaine Arbeau-Bonnefoy