Le bassin de Jonzac est en grande partie constitué par des formations du Crétacé supérieur.
Un forage géothermique réalisé à Jonzac en 1979 a confirmé l’existence d’eau géothermique à 65 °C (± 5 °C) dans les grès et calcaire du Trias entre 1 671 et 1 871 mètres de profondeur. Un second forage a également été réalisé en 1993.
Par la route, Jonzac se trouve à environ 1/4 d'heure de l'autoroute A10 et est à 1 heure de Bordeaux, 1 heure 30 de La Rochelle, 45 minutes de Royan et 30 minutes de Saintes et de Cognac. La ville est en outre une des étapes d'un sentier de grande randonnée balisé, le GR 360.
La gare de Jonzac est située sur la ligne de Chartres à Bordeaux-Saint-Jean. Deux allers-retours quotidiens en car permettent également de rejoindre Angoulême en une heure, pour la correspondance TGV vers Paris.
Jonzac possède également un aérodrome, l'aérodrome de Jonzac - Neulles, situé sur la commune de Saint-Germain-de-Lusignan.
Le climat est de type océanique aquitain : la pluviométrie est relativement élevée en automne et en hiver et les hivers sont doux. L'été reste tempéré grâce à la brise marine. Deux vents venant de l'océan, le noroît et le suroît, soufflent sur les côtes du département. L'ensoleillement de la côte charentaise est très important : avec 2 250 heures par an, il est comparable à celui que connaît une partie de la côte méditerranéenne.
Les relevés de la station météorologique de La Rochelle entre 1946 et 2000permettent de déterminer quelques dates majeures au point de vue climatique en Charente-Maritime : ainsi, au cours de cette période, la température la plus froide est relevée le 15 février 1956 : −13,6 °C.
Un pic de température (dépassé seulement au cours de la canicule de 2003) est atteint le 8 juillet 1982 avec près de 39 °C à l'ombre.
Si 1953 est considérée comme l'année la plus sèche, 2000 est au contraire la plus pluvieuse.
La Charente-Maritime est le département français le plus durement touché par la tempête Martin du 27 décembre 1999. Les records nationaux de vents enregistrés sont atteints avec 198 km/h sur l'île d'Oléron et 194 km/h à Royan.
Le tableau suivant résume les principales données climatiques de la station de Météo-France de Cognac (environ 30 kilomètres à l'est).