Faune

Les cerfs sont de grands herbivores ruminants présents dans l'hémisphère nord. Originellement adaptés aux milieux ouverts enherbés ou à des zones de type savanes tempérées (broutage de feuilles et bourgeons à différentes hauteurs), ils ont formé des populations et sous-populations qui ont évolué, sous la contrainte des dernières glaciations, et plus rapidement ensuite sous la contrainte de la chasse par l'homme et de l’anthropisation des paysages. À la différence du cerf megaloceros, ils ont, sur une part significative de leur aire potentielle de répartition survécu aux chasseurs du paléolithique et du néolithique en se réfugiant dans les zones de forêt dense. Les grands cervidés doivent cependant affronter localement des phénomènes d'insularisation écologique notamment dû à la fragmentation des forêts où ils se sont réfugiés, ou au fait que certaines populations sont issues d'un petit nombre d'individus réintroduits (risques liés à la consanguinité). Des sous-populations ont pu évoluer de manière assez divergente, notamment dans le contexte d'insularisation écologique des îles méditerranéennes au Pléistocène, avec des variations de taille, mais aussi fonctionnelles (par exemple de l'appareil masticateur ou des os du pied, qui sont probablement des adaptations aux modifications des niches écologiques occupées). Le « mégacérin de la Sardaigne » et le « cerf de Sicile » devaient être des herbivores agiles et rapides. Le « megacérin de Sicile », semble quant à lui avoir été plus adapté à des milieux plus fermés et boisés. En Crète, les petits mégacérins, même peu agiles, devaient être adaptés à des terrains difficiles et accidentés, sans qu'on sache exactement quelle pouvait être leur alimentation.

Le cerf élaphe comme toute la grande et petite faune des zones tempérées a « récemment » (aux échelles géologiques du terme) dû s'adapter à trois glaciations. De premiers échantillons d'ADN bien conservé ont été trouvés sur des os de trois cerfs (Cervus elaphus) datés de la fin du Pléistocène, trouvés dans la grotte Emine-Bair-Khosar (EBK) à la lisière nord du plateau inférieur du Massif montagneux de Chatyrdag en Crimée. En les comparant à l'arbre phylogéographique connu basé sur l'analyse de séquences d'ADN mitochondrial de cerfs vivant aujourd'hui dans l'hémisphère Nord, les chercheurs ont pu confirmer que la péninsule de Crimée semble avoir servi de refuge à une grande part des cerfs élaphes du nord-Est de l'Europe, et qu'elle a ensuite (Pléistocène supérieur) joué un « rôle majeur » dans la recolonisation et la dispersion des espèces tempérées pour tout le continent eurasien.

Pour éclairer la phylogénie, la phylogéographie du cerf élaphe, une étude publiée en 2004 a comparé la séquence d'ADN mitochondrial du cytochrome b d'échantillons prélevés parmi cinquante et une populations de cerfs réparties dans le monde, mais essentiellement en Asie et Europe.
Plusieurs méthodes ont été combinées (dont le maximum de parcimonie, le maximum de vraisemblance, et l'analyse cladistique imbriquée), qui ont conduit les chercheurs à conclure que les populations de cerf élaphe actuellement présentes seraient originaires de la région située entre le Kirghizistan et l'Inde du Nord, avec deux groupes génétiquement bien distincts, l'un vivant à l'ouest (composé de 4 sous-groupes) et un autre vivant à l'Est (composée de trois sous-groupes).
Ces données ADNmt ne confirment pas la classification traditionnelle considérant que tous les cerfs élaphes constituent une seule espèce, ni sa division en nombreuses sous-espèces