Faune

Les mouches sont des animaux souvent mal aimés par l'être humain car elles peuvent apporter des souillures dans les habitations humaines (excréments sur les murs, bactéries apportées sur les aliments…), elles sont une cause de dérangement ou sont encore associées à l'idée de dégradation des cadavres et de mort. Ce sont parfois des ravageurs des cultures et des potagers. Les mouches sont particulièrement attirées par la saleté (ordures, excréments, urines, égouts, cadavres, sueur, bétail...) et la nourriture qu'elles souillent donc par contact direct.

Nuisances

Les mouches qui se posent sur les aliments sont des vecteurs avérés de microbes et virus, même si elles ont par ailleurs des fonctions écologiques utiles (nécrophage, pollinisatrice, etc.)

La mouche est le plus souvent regardée par l'homme comme un insecte malpropre et vecteur de maladies comme le typhus ou le choléra. Les mouches se trouvent par exemple par milliers dans les latrines. Quelques mouches sont hématophages et peuvent transmettre des maladies comme la leishmaniose ou la maladie du sommeil. D'autres espèces, de par leur coexistence avec l'Homme, peuvent lui transmettre des maladies comme le choléra ou le typhus, durant des périodes où la situation sanitaire d'une région est de mauvaise qualité (zones de guerre, régions atteintes par les tremblements de terre, les raz de marée, quartiers concentrant la pauvreté). D'autres mouches, une fois ingurgitées, peuvent provoquer des myases. Certaines sont vectrices de maladies parasitaires, telle la maladie du sommeil qui est véhiculée par la mouche tsé-tsé. Certaines espèces font aussi, à l'état larvaire surtout, des dégâts aux récoltes ou parasitent le bétail. Aussi la lutte contre les mouches mobilise-t-elle des sommes très élevées, et le recours à des procédés très divers afin de limiter leurs populations, dans les pays industrialisés comme dans le Tiers-Monde.

Le principal facteur qui rend les mouches mal perçues par l'Homme est le dérangement et la perturbation de ces insectes. Les mouches ont tendance à se poser n'importe où sur le corps humain en dépit du sentiment d'insécurité senti une fois traquées, avec une insistance incompréhensible. Leur bourdonnement est très nuisible, surtout en période de sommeil ou de concentration. C'est la cause la plus importante qui rend les mouches détestées et traquées par les êtres humains. Par conséquent, le marché d'outils de lutte fleurit (tapette mécanique ou électrique, piège électrique, insecticide…).